Vanaf 2016 reikt de KANTL elk jaar twee prijzen uit: een literaire en een wetenschappelijke prijs.
De literaire prijzen worden afwisselend uitgereikt voor proza, kinder- en jeugdliteratuur, essay en poëzie. Tot 2021 kende de KANTL een prijs toe voor podiumteksten.
De wetenschappelijke prijzen bekronen (in een vierjaarlijkse cyclus) publicaties over de culturele Vlaamse beweging, taalkunde, de studie van de oudere taal, literatuur en cultuur in de Nederlanden, en literatuurstudie.
Dit systeem is een vereenvoudiging van de vele Academieprijzen die er vroeger zijn geweest. Die vroegere prijzen richtten zich vaak op heel specifieke deeldomeinen binnen de taal- en letterkunde, en ze werden veelal gefinancierd door schenkingen en legaten. De huidige prijzen worden gefinancierd door de samengevoegde fondsen uit die vroegere schenkingen en legaten.
Twee van de wetenschappelijke prijzen blijven de naam dragen van een belangrijke schenker: de Leon Elautprijs voor een wetenschappelijk werk over de culturele Vlaamse beweging en de Leonard Willemsprijs voor een studie op het gebied van de oudere taal, literatuur en cultuur in de Nederlanden.